Xaser_VI, Странно, файл находит, не назначается у вас переменная, хотя ваш пример у меня работает. Могу предложить прописать в SetupComplete.cmd запуск MInstAll:
Код:

for %%i IN (C D E F G H I J K L N M O P Q R S T U V W X Y Z) DO IF EXIST %%i:\MInstAll\profiles\Autounattend.ini start "" %%i:\MInstAll\MInst.exe {Patch}\profiles\Autounattend.ini /t 0
Вам нужно будет создать новый профиль под именем Autounattend и накидать туда программ.
По мне, так раз есть файл ответов, то можно прям в нем прописать секцию FirstLogonCommands для запуска.