[dislike]

Но приходится поддерживать то что уже есть. »

Не вижу оснований для этого. Переделка не такая уж долгая/сложная и весьма мало меняет функциональность общей папки для пользователей. Привыкнут быстро. Для руководства обоснование ваших действий: предотвращение вирусной эпидемии в сети, потому что рано или поздно кто-то запустит этот вирусный экзешник и как назло антивирус окажется выключен в этот момент.

Если компьютеров немного, пройдитесь пешочком и проверьте каждый на инфекцию.