[Iska]

Вопрос: как это сделать? Какие команды и программы использовать? »

Диспетчер задач. «taskkll». «wmic.exe process where "Name = '…'" call Terminate». И т.п.

И второе: после использования программы№2 необходимо из рабочей среды Admin запустить программу№1 в рабочей среде User. »

Без знания пароля — разве что проксированием: при входе User запускается на исполнение некое приложение/скрипт, которое следит за определённым условием/триггером, и по наступлении этого условия/срабатыванию триггера запускает искомое «программу№1». Admin обеспечивает срабатывание этого условия/триггера в потребный ему момент.