[saurn]

может в новой версии просто нужно дописывать какие то строки в коде? »

На счет новых версий не знаю. В прежних версия директива отключения страницы выбора папки по умолчанию была установлена в no. Попробуйте принудительно установить в no - DisableSelectDirPage=no - и посмотрите, что получится.

Может ли inno setup как то определять, что файлы .exe идентичны и из за этого устанавливать по одному пути? »

Идентичность файлов в выборе пути установки роли не имеет. Инно определяет наличие предыдущей установки согласно записи в реестре, в HKLM\Microsoft\Windows\CurentVersion\Uninstall.

Как сделать у Лейблов, таких как, ну например: WelcomeLabel1, WelcomeLabel2, FinishedLabel, BeveledLabel чтобы фон был прозрачным »

Для ANSI компилятора решение написали выше. Для UNICODE - установить значение свойства Transparent контрола в True.