[megaloman]

Код, представленный ниже, отлично справляется со своей задачей ...

Не берусь в него вникнуть, поэтому предлагаю:
Шаг 1.
Попробуйте скрипт

Код:

@Echo Off
cls

Set "Where=E:\MIX\MPL"

SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion

FOR /F "usebackq delims=" %%d IN (`Dir "%Where%" /b /A:D 2^>nul`) DO (
	If Exist "%Where%\%%d\%%d.alb" Call :Working "%Where%\%%d\%%d.alb" 
)
GoTo :Eof

:Working

set "in=%~1"
set "out=%~1"

Echo %in%
Echo %out%

Если имена файлов отображаются нормально, то:

Шаг 2.
Вместо двух последних строк c Echo добавьте текст своего скрипта начиная с Вашего первого for