[opel431]

RegDeleteKeyTree удаляет ключ с подключами и не нужно удалять по списку. »

Значит я не совсем Вас понял и предположил, что Вам еще нужно найти в ветке n-ключей, а затем их удалить с под ключами.
Манифест, с параметром level="requireAdministrator" + получение прав, нужны обязательно!

Так как без его ключ вообще не видит. »

Фактически, это переключатель и режим переключения (по условию) Вы задаете сами

Код:

OS/Application   32bit/32bit   64bit/32bit   64bit/64bit
raDefault        Software      Wow6432Node   Software
raNative         Software      Software      Software
ra32Key          Software      Wow6432Node   Wow6432Node
ra64Key          Software      Software      Software

Delphi, ставлю когда мне это необходимо, потому даю совет исходя из справки и исходников JCL.
Вы можете еще добавить в процедуры работы с привилегиями еще пару "вездесущих" привилегий: SeDebugPrivilege и SeManageVolumePrivilege.
Да, после изменений в реестре нужно известить систему - SendMessage(HWND_BROADCAST, WM_WININICHANGE, 0, LongInt(PChar(Ветка реестра)));