[Animal]

Возможно проблем при восстановлении и больше в случае, когда Вин2К не грузится по сравнению с FAT32, но более важно то, что вероятность этого самого случая снижается - это самое главное.
А также:
- экономия дискового пространства засчет уменьшения размеров кластера.
- снимается ограничение на размер файла (важно например при декодировании видео).
- добавляется настройка безопасности (а также шифрование, сжатие).
Про это и многое другое можно почитать http://www.ixbt.com/storage/ntfs.html.

Ну и наконец M$ разрабатывала NT/2000 с учетом особенностей NTFS.