Dodakaedr, NSIS не умеет работать с INI-файлами в кодировках отличной от ANSI. А ваш файл INI имеет кодировку
UTF-8. По этой причине и получается ошибка. Воспользуйтесь плагином
Unicode для преобразования кодировок. Примерный код сценария будет следующий:
Пример сценария
Код:

# Обработка INI-файлов кодировке UTF-8
# Используемые плагины:
# - Unicode v1.1 (http://nsis.sourceforge.net/Unicode_plug-in)
# - EnumINI (http://nsis.sourceforge.net/EnumINI_plug-in)
outfile "TestINI.exe"
Section main
; Выполняем конвертацию исходного файла INI из кодировки UTF-8 в ANSI
; во временный файл с именем _Config.ini
unicode::FileUnicode2Ansi "$EXEDIR\Config.ini" "$EXEDIR\_Config.ini" AUTO
; Извлекаем из стека результат обращения к функции
Pop $1
; Проверяем наличие в INI-файле секции с именем "General"
EnumINI::SectionExist "$EXEDIR\_Config.ini" "General"
; Извлекаем из стека результат обращения к функции
Pop $1
; Выполняем сравнение значения переменной $1 с "1"
StrCmp $1 "1" 0 +6
; Если результат сравнения положительный (секция существует), то...
; Показываем уведомление пользователю
MessageBox MB_OK|MB_ICONINFORMATION "Указанная секция существует."
; Записываем во временный новый INI-файл значение для заданного ключа
WriteINIStr "$EXEDIR\_Config.ini" "General" "RutaBaseExtraccion" "$EXEDIR\"
; Выполняем конвертацию временного файла INI из кодировки ANSI в UTF-8
; и перезаписываем исходный файл INI
unicode::FileAnsi2Unicode "$EXEDIR\_Config.ini" "$EXEDIR\Config.ini" UTF-8
; Извлекаем из стека результат обращения к функции
Pop $1
; Переходим на команду удаления временного файла INI (_Config.ini)
Goto +2
; Если результат сравнения отрицательный (секция НЕ существует), то...
; Показываем уведомление пользователю
MessageBox MB_OK|MB_ICONSTOP "Указанная секция не существует!!!"
; Удаляем временный файл INI, он больше не нужен.
Delete "$EXEDIR\_Config.ini"
SectionEnd
Рекомендую ввести дополнительные проверки как, например, наличие самого файла INI и результатов конвертирования.
К сожалению, оба используемых плагина сделаны в редакции ANSI, поэтому пользоатели NSIS Unicode оказываются в пролёте.