[DJ Mogarych]

Если вы заполняете какие-то данные на сайте СБИСа или через их программу - данные заносятся в их базу.
Шифруется только передача данных через интернет.

А Крипто-про - это для того, чтобы ставить цифровую подпись и шифровать по алгоритму ГОСТ.
Чтобы СБИС знал, что им отправляется не какая-то шляпа, а реальные данные, подписанные ключом генерального директора, главбуха или ещё какого-то уполномоченного лица. Но принцип тот же - асимметричное шифрование и проверка подлинности.