Через запись в файл сделать получилось и всё работает.
Ваш вариант работать не хочет, хотя команда проходит.
P.S. Сделал, всё оказалось просто:
Код:

FOR /F "tokens=2" %%a IN ('fastboot getvar version 1^>nul 2^>^&3') do set build=%%a & goto :ver
:ver
echo "%build%"