[Foreigner]

но он выводит мне результат только при добавлении новых файлов в каталог, когда файлы оттуда удаляются, отчет получается пустым. »

Добавьте findstr наоборот:

Код:

@echo off
1>nul chcp 1251

1>отчет.txt (

	echo Новые файлы:
	findstr /v /g:1.txt 2.txt
        echo.
	echo Удаленные файлы:
	findstr /v /g:2.txt 1.txt

)