[Iska]

без скрипта не обойтись? »

Скрипт предлагался только как альтернатива ручному заданию разрешений — в контексте упоминания «более 200 папок».

По умолчанию все пользователи имеют к ним доступ. »

Так уберите это умолчание (обычно это «Пользователи» и «Прошедшие проверку»). Назначьте разрешения только тем, кому это потребно, конкретным пользователям или конкретным группам.

Пока совсем непонятна конкретика того, что Вам нужно.