[El Scorpio]

Regedit /s "\\domain.local\SYSVOL\domain.local\Policies\{...}\Machine\Scripts\Startup\proxy.reg" - пути все правильно. »

Очень длинно и ненадёжно.
Правильнее так: положить файл REG рядом с файлом CMD
При добавлении CMD в групповую политику указать файл REG в поле "Параметры запуска".
Внутри самого CMD вместо имени файла использовать %1 - это значение первого параметра.

В самом реестре прописаны интернет настройки для текущего пользователя([HKEY_CURRENT_USER), которые меняют в свойстве обозревателя настройки прокси и закрывает доступ к настройка. »

Параметры прокси для программы Internet Explorer можно легко и просто задать через соответствующий раздел групповой политики пользователя.
И пользователь эти настройки уже не исправит.

Другое дело, что Firefox и прочие сторонние программы имеют свои настройки, которые групповые политики не обрабатывают. И вы со своей стороны закрыть их не сможете.

Компьютеры и XP и 7. »

Windows 7 позволяет устанавливать значения ключей реестра, INI-файлов и т.д. через раздел "предпочтения" групповой политики.