[El Scorpio]

Создан рейд 5 и размечен на 2 логических диска. 500 гб под систему, второй под бекапы. »

Бэкап на пятом рэйде? Кучеряво живёте
Вот только сей массив предназначен для текущей обработки данных, но не для хранения информации. Хотя бы потому что при отказе одного диска надёжность системы падает до нуля, а подключение и ввод в работу нового диска даёт высокую нагрузку на массив, что даёт очень высокую вероятность отказа на любом из старых (уже достаточно изношенных) дисков.
В вашем случае вы потеряете всю информацию сразу.
Предлагаю вам сделать два простых "зеркала" - один под систему, другой под бэкап. Тем более что Windows 2008 рекомендует выделять под бэкапы отдельный диск (не раздел, а именно отдельное устройство или массив дисков).
А если в сервере есть свободные места для установки дисков, лучше сделать RAID5 на 4 дисках под систему и "зеркало" на двух дисках под бэкапы. "Зеркало" лучше сделать на основном контроллере материнской платы.