Не припомню случая чтобы приходилось останавливать все целиком, да и не уверен что что
dnscmd это поддерживает. Тормознуть зону можно так:
Код:

dnscmd имя_сервера /ZonePause имя_зоны
запустить - аналогично
Код:

dnscmd имя_сервера /ZoneResume имя_зоны