[Iska]

Раз в папке winsxs и SysWOW64 только ссылки на файлы »

Там находятся оригиналы файлов (об этом можно судить по наличию созданных коротких имён у файлов с «длинными» именами именно в «winsxs»).

то почему папка Windows так много весит? »

1. Потому, что жёсткие ссылки на оригиналы файлов (находящихся в хранилище «winsxs») находятся внутри же папки «%SystemRoot%» (\Windows и вложенных в неё).
2. Потому, что абсолютное большинство «анализаторов» не умеют учитывать жёсткие ссылки, связи, символические ссылки при своём т.н. анализе и тупо могут учесть занимаемый ими объём дважды, трижды и так далее, хотя в реальности объём должен учитываться единожды на все ссылки.

Совокупность этих двух факторов и приводит к ошибочной трактовке.