Сделал тестовое обновление НОДа, скачалась обнова 71 мБ, установилась, модуль очистки не поменялся
http://ybex.com/d/w9gnjnrtvmr2dy4spy...vg8ssfon7.html
Восстановление режима "Только чтение" на ветки реестра по Способу №2 результата никакого не дают. При срабатывании НОДа на любую угрозу - все ярлыки после ребута в кучу и значения веток реестра возвращаются к %SystemRoot%\SysWow64\shell32.dll
Может, как вариант решения, написать батник, который бы стартовал при запуске системы и правил бы нужные ветки реестра каждый ребут?