[mwz]

2 HDD по 750GB каждый, они MBR »

Думаю что крайней мере диск с системой (Диск 0) у вас GPT: на MBR-диске создать 5 основных разделов нельзя (без применения специальных утилит – но и тогда Windows не сможет показать их так, как показывает у вас).

оно видит его не как отдельные разделы, а перечисляет сразу все разделы »

Кто – "оно"?
Да и все известные мне программы разворачивания ISO-образов разворачивают их именно на физический диск, затирая всю имеющуюся информацию (т.е. тут вам показывают, дисков с какими буквами вы лишитесь).

PS
Обратите внимание на контейнеры для 2.5" дисков типа http://www.zalman.ru/global/product/...ead.php?id=186 которые позволяют работать в режиме DVD на основе любого из образов, лежащих в папке _ISO и выбираемых "на лету".