[Barracuda]

CyMpak
Если я не обшибаюсь, то подобный вопрос в вашем исполнении уже был ... Ну, да бог с ним.
В принципе -  не проблема разместить Linux на вторичных дисках. Есть вариант, когда материнка поддерживает map для дисков (т.е. после прохождения POST есть возможность выбрать, с какого диска грузиться по нажатии какой-нить клавиши). После этого, BIOS swap'ит диски и работать можно без проблем (на моей мамке - MS-6380V2 - именно так и работаю).
В случае, если такой фокус не работате, то не пожалей и откуси маленький кусочек (достаточно 32 метра) на Primary Master. Этот раздел будет называться Linux "/boot" (если помните, то меня за подобное разбиенеие на домашенем компьютере обвинили в маразме). Т.е. получится где-то так:

1. Primary Master:
   • Partition1(primary): Linux Ext2(!) (/boot) 32Mb;
   • Partition2(primary): Win2k FAT32/NTFS - any size;
   • Partition3(?): далее - как душа ляжет;
2. Primary Slave/Secondary Master/Secondary Slave(какой угодно):
   REM: В зависимости от пожеланий, можно разбить дополнительный диск как угодно, но для начала рекомендую не париться и сделать только два основных и необходимых раздела.
   • Partition1(primary): Linux Swap (no mount point) RAM Size*2(2.5);
   • Partition2(primary): Linux Root Ext3 (/) - остальное место на диске.

Активным нужно будет сделать для начала раздел, содержащий Linux-загрузчик (т.е., в нашем примере, первый разде диска PrimMast, содержащий раздел Linux Boot "/boot".
По началу, советую всё же поставить GRUB - впринципе, достаточно прост, а настройки интуитивны. Только нужно помнить, что нумерует этот загрузчик разделы не с единицы(1), а с нуля (0). Т.е. первый радел на втором диске будет называться hd1,0.
Что до последовательности, то лучше, конечно, Linux ставить в последнюю очередь. Хотя если сменить активный раздел (не уверен в истинности утверждения), то Винда не тронет его (то, что не тронет - это точно). Кроить диски можно при помощи того же Partition Magic или fdisk'а от Linux.