[jah]

Осталось определить как лучше сделать возможность быстро запускать эти программы из командной строки. »

Чтобы ничего не городить со ссылками, остановился на
- создании переменной среды PA (PortableApps)
- создании переменной среды PortableAppsPath с добавлением туда каталогов с наборами программ (например, D:\PortableApps\Sysinternals)
- обе добавил в Path

Тем самым охватил быстрый запуск из окна Выполнить программ из каталогов с наборами программ,
а из cmd: cd /d %pa% -> cd s + tab-ом до нужного каталога -> AppName, в принципе, терпимо