[Ж.Д.А.Л.К.Е.Р.]

Не слышал про зависимость от ФС. Скорее всего тот биос не дружит с MBR - Grub4Dos или самим Grub4Dos-ом (grldr), той версией что в WinSetupFromUSB.
Одна из проблем WinSetupFromUSB, в том что компоненты входящие в нее автор не обновляет.