[Iska]

я просто не пойму, я настраивал-настраивал, так вот все запускаемые батники идут с зеленым цветов, когда запускаешь cmd через win+r то с другим, и когда с ярлыка в стандартных с третьим. »

См., например:

если игрались с настройками «использовать для всех окон с тем же именем» — параметры по умолчанию могут перекрываться параметрами для окна консоли с конкретным именем, например, в подразделе «HKCU\Console\%%SystemRoot%%_system32_cmd.exe». »