[El Scorpio]

Но есть опасения что после ребута может не загрузится винда и вот от куда опасения в статье http://habrahabr.ru/company/first/blog/241333/ в коментах написано что нужно запустить команду «bcdboot c:\windows /s c:» и она скопирует системные файлы на 2-й диск. В моем случае после того как я выкинул с зеркала диск 2 и добавил туда диск 4 стоит воспользоваться этой командой? Признаюсь я не совсем понимаю ее смысл. »

Смысл команды совершенно иной.
Изначально Windows создаёт загрузочный раздел 100 Мб
Затем при преобразовании диска в программный RAID вы создали "зеркало" только для диска C: , а раздел начальной загрузки остаётся в единственном экземпляре.

В таком случае есть два варианта:
1) перенести файлы начальной загрузки в массив диска C: , чтобы не использовать раздел начальной загрузки - это было сделано в статье Хабра
2) создать на втором диске отдельный раздел и выполнить преобразование раздела начальной загрузки в "зеркало" - это сделали вы на диске №4

То есть сейчас вам просто нужно проверить, что компьютер может загружаться с диска №4