[Byterbrod]

Волшебство. Нет повода вам не верить, вы же сами хотите от них избавиться, но я не могу объяснить такое поведение Проводника. Попробуйте восстановить все удаленные папки твиком из архива в сообщении #2, перезагрузиться и удалить подразделы вручную, для несколькоих папок для начала, и проверьте как они себя поведут. »

Попробовал как вы написали, все восстановил, удалил один раздел "Музыка" и перезагрузился. После перезагрузки папки "Музыка" нету, но зайдя в эту папку она снова появляется.
Еще заметил что постоянно восстанавливаются в Библиотеке папки "Пленка" и "Сохраненные фотографии" я их удаляю так как они не нужны а они потом через какое то время появляются.