В реестре, в разделе HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager значение параметра
BootExecute по умолчанию = autocheck autochk *
Для отключения проверки дисков С и D например при загрузке значение параметра установите
Код:

autocheck autochk /k:C /k:D *
Или воспользуйтесь командой
chkntfs /? - там разберетесь что делать с параметром X
Только вот проблема ваша никак с утилитой проверки диска не связана. Захотите разобраться - милости просим в раздел по BSOD