[gora]

в описании написано что должны установиться все 22 пункта »

Когда-то давно, это было так, теперь это неверно. Полная установка возможна только через ключи.

не появилась (показывать скрытые файлы и папки). »

Этот пункт только для Win7, на XP он не устанавливается.

При удалении программы все создаваемые ей пункты удаляются, кроме того что сам добавил reg-файлом »

Все логично, каждый сам убирает за собой.

нашел строчку (If WScript.Arguments.Named.Exists("PROTECT") Then) как я понял которая создает команду (Включить-Отключить защиту файлов) так и не смог ее найти, и не нашел что бы программа создавала какие-то записи в реестре при установке. »

Я ее сделал, но не включал в аддон. Такая не подключенная секция не единственная.

вчера когда всем этим занимался возникла мысль »

Это хорошо, возможно, Ваш вариант больше понравится пользователям.