[severagent007]

Так и будут две одинаковые строки в загрузчике. По умолчанию будет последняя установленная система. »

Нет, не будет, если установить правильно. Так будет только когда загрузочные файлы останутся на старом диске и туда запишется вторая строка меню для новой системы, установленной на ссд. Что неправильно, т.к винда будет зависить от старого хдд, и невозможно отформатировать старый хдд из под виндовс, или же если его принудительно весь очистить, новая винда не загрузится, потребуется восстанавливать загрузчик. Или при извлечении старого хдд виндовс с ссд не загрузится.
При правильной установке выбирать виндовс можно только выставляя приоритет загрузки в БОИС старого и нового жд. На каждом диске есть свой загрузчик с одной записью виндовс, которая не будет отображаться т.к запись на каждом диске будет одна, а не две или более.

Вопрос: как это работает, и почему? Раньше использовал ultraiso для записи на флешку. И чем uefi флешка отличается например от той, что в ultraiso записать? »

UEFI флешку можно сделать и программами также, просто выбирать вам. Если UEFI флешку, то зачем программы тогда? И зачем даемон тулс, если виндовс имеет свой вирт. привод. UEFI флешка загрузится только на UEFI совместимой системе с UEFI биосом. Виндовс будет установлен в UEFI режиме и с UEFI загрузчиком. Диск будет(или должен) отформатирован с таблицей GPT. Также перед установкой

включить обратно секур и выкл CSM »

.