[Trouble_Maker]

Все очень просто, когда стартует контроллер он стучится в DNS, в том случае если у него в настройках сетевого интерфейса предпочитаемым DNS сервером стоит он сам, то он не может обратиться к своему DNS т.к. служба еще не стартовала. В таких случаях, обычно настраивают перекрестные настройки DNS, например:
DC1 - ip 192.168.1.1, DNS первичный: 192.168.2.2 (указываем второй контроллер домена)
DC2 - ip 192.168.2.2, DNS первичный: 192.168.2.1 (указываем первый контроллер домена)
В таком случае, если перезагружать 1 из контроллеров то он будет стучаться в DNS другого. Ну а если оба выключить, и одновременно застартовать, то ошибки будут в любом случае, т.к. контроллер стучится в DNS а он еще не поднялся, плюс партнера по репликации он не может найти.