[User001]

Все, у майкрософта есть вроде бы хотфикс по данной проблеме http://support.microsoft.com/kb/875495. »

Вы уверены, что у вас произошел USN Rollback?

Из-за того что КД обновлялся с 2003 до 2008? »

А как он обновлялся? Как был понижен? Какие имена и адреса были? Мне больше ваша ситуация напоминает эту тему, где 2003 был принудительно понижен.
Так что покажите аналогично:

ntdsutil roles connections connect to server SERVER quit select operation target list roles for connected server

и

ntdsutil roles connections connect to server SERVER quit select operation target list domains select domain 0 list sites select site 0 list servers in site