[El Scorpio]

Всем приписан статичный ip, но при частых разрывах (неустойчивое 3G покрытие у некоторых клиентов) ip адрес клиента "A" оказывается занят, и при подключении он получает первый свободный адрес из пула. »

Настройте на сервере роль DHCP и выдавайте клиентам VPN динамические адреса из пула.
При получении IP-адреса для соединения VPN клиенты будут автоматически регистрироваться в указанном сервере DNS.

Так вот клиенты нормально отсылают и получают DNS записи с\на сервер, но сам сервер не использует свои записи вообще (или до меня не дошло, как его настроить на использование). »

Чтобы сервер использовал свою службу DNS нужно не указывать никаких адресов DNS в параметрах сетевых интерфейсов. Тогда localhost будет использоваться автоматически
Чтобы сервер при этом мог работать с именами внешних сайтов, нужно прописать DNS провайдера (или яндекса/гугля, кому что больше нравится) в свойствах службы DNS-сервера (в параметрах перенаправления запросов)