[Daar]

В таком случае вообще проще запретить использование перемещаемых профилей на терминальном сервере. В этом случае терминальные сеансы будут использовать отдельные "пустые" профили, которые никуда не будут копироваться.

Вот именно это и надо, подскажите где капать, что то облазил политики и не нашел подобное.
Хотя есть небольшая проблемка, у нас к 1С подключается торговое оборудование, и описание его находится в реестре HKEY_CURRENT_USER. Тут разве что сделать костыль, когда запускается 1Ска то загружать каждый раз реестр.