[El Scorpio]

Но насколько помню при Перенаправлении папок на компьютере копия не остается, а это не очень хорошо, связь с "центром" бывает есть а бывает и нет, если 1С не доступна это не сильно страшно, но вот документы нужны постоянно. »

Насколько я помню, Windows позволяет использовать "автономные файлы" - то есть указанные сетевые папки автоматически копируются на локальный диск таким образом, что при наличии доступа к серверу SMB открываются файлы на сервере, а при отсутствии доступа - файлы в локальном хранилище. После восстановления связи происходит автоматическая синхронизация изменений.

У меня пользователи не используют RDP как рабочий стол, только как RemoteApp. »

В таком случае вообще проще запретить использование перемещаемых профилей на терминальном сервере. В этом случае терминальные сеансы будут использовать отдельные "пустые" профили, которые никуда не будут копироваться.