[El Scorpio]

Возможно как-то отключить что бы профиль пользователя с компьютера не синхронизировался с профилем в RDP? А только с папкой которая указана в Profile path. »

Вообще-то профиль пользователя локального компьютера в принципе не может синхронизироваться с профилем в RDP.

Другое дело, что у вас при загрузке локального компьютера производится синхронизация между доменным профилем и локальным профилем на локальном компьютере, а затем при начале терминального сеанса производится синхронизация между доменным профилем и локальным профилем на сервере терминалов.
При этом у вас существует три разных профиля, из которых два используются одновременно. Ну а по завершении работы производятся обратные синхронизации к доменному профилю, в результате которых существует вероятность потери актуальной информации.

Здесь есть два решения проблемы.
1. Отключить использование перемещаемых профилей на сервере терминалов, тогда будет производится только синхронизация между доменным и локальным профилями. В этом случае профиль сервера терминалов не будет синхронизироваться и затирать изменения, сделанные во время работы на локальном компьютере.
2. Для указанных пользователей сделать "перенаправление" папки "Мои документы" в другую сетевую папку на контроллере домена. "Перемещённые" папки не входят в состав профиля пользователя. При этом оба сеанса (локальный и терминальный) будут работать с одной сетевой папкой.