[cameron]

запустил батник от админа, и да, действительно не выполняет скрипт..., батник почему то отрабатывает скрипт только от локального пользователся. »

и в правду, почему же, ведь вы же явно указали запуск в другом контексте, прямо удивительно.

есть скрипт .VBS для удаления ярлыков и прочих файлов с рабочего стола пользователя. »

зачем для удаления ярлыков с рабочего стола пользователя, нужно запускать батник от админа?

или посоветуйте как проще выполнить скрипт на ПК удаленных (выборочных) пользователей через КД. »

КД, как контроллер домена ничего никому не запускает. это контроллер домена.

сделал из него инсталляционный пакет для Kaspersky Security Center »

слов нет.
берите выше - SCCM или ZenWorks.

может есть какое то ПО удобное? »

есть, называется групповая политика.