[Tau_0]

Johnny7c3,
А при чём тут формат, когда сначала хард переразбить надо, а уж потом форматировать… Данные надо сохранить…

Расскажите какие драйверы ставили Intel® Rapid Storage Technology (Intel® RST) RAID DriverVersion: ---- 11.7.0.1013..???...
Если они помогли решить проблему, то беды впоследствии быть не должно.
Но на всякий случай посмотрите статью
Потеря данных при «завороте» 3ТБ HDD с GPT

Вопрос заключался в том, почему система ничего не выделила SSD и терабайтнику. »

Видимо SSD был уже разбит, поэтому при установке инсталлятор не создал скрытый раздел. А вот с терабайтника загрузка не нужна, поэтому и скрытый раздел ему не нужен.
См. Скрытый раздел System Reserved (Зарезервировано системой) в Windows 7 и Windows 8