[Dzirt2005]

в настройках интерфейса делается различие между этими двумя типами атрибутов »

Только "скрытый" - это действительно атрибут, а "защищенные папки" - это некий полусекретный список папок, которые скрывает Explorer при отображении и никакого отношения к атрибуту файла/каталога это не имеет. Проверить легко - на любой файл/папку в Far поставить атрибут "системный" и на отображении в Explorer это не отразится никак (при установленной галке "Скрывать защищенные системные файлы (рекомендуется)")