[El Scorpio]

Свободного места на диске, я так понимаю, достаточно: »

С точки зрения системы - не совсем.
С точки зрения логики LINUX/BSD под / выделяется раздел небольшого объёма, а для всего остального монтируются дополнительные разделы.
Как следствие, ожидается, что в / из "тяжёлых" файлов будет только ядро операционной системы, для обновлений которого нужен запас свободного места.

Опять же, система произведёт загрузку и распаковку большого количества файлов.

Кстати, не совсем понятен результат df
У вас 19 гб раздел, из которого используется 4.1 Гб и свободно 2.5 Гб. А где остальное?

Что делать? Как исправить? Если есть возможность не меняя размеров раздела/не добавляя новых дисков. »

1. проверить / на наличие "потерянных файлов" (у вас более 10 Гб непонятно где)
2. Перенести ряд тяжёлых папок (кэш пакетов) на другие разделы, а в исходных путях сделать символьные ссылки на новое место расположения (команда ln -s )