[Blast]

Я не думаю, что системные ресурсы есть нечто неприкосновенное. »

Де-юре так и есть. Де-факто может привести к нестабильной работе системы или программ, в особенности при/после обновлений безопасности.
Вы конечно вольны делать что вам хочется. Возможно дублирование происходит еще и из-за shell32.dll.mui, или из-за того, что плывет нумерация иконок в библиотеке после вмешательства (хотя вряд ли).
Просто то, что вы хотите сделать несколько алогично, вы ведь не меняете иконки ежечасно, вам просто хочется один раз настроить так как нравится, почему бы не использовать для этого безопасный метод.