mcintosh55, попробуйте сторонние средства:
RemoteApp Tool и
RDP2MSI
Также можно не запускать RDP-файл из web-интерфейса, а скачивать их.
Кроме того, можно найти сгенерённые RDP-файлы на клиенте по пути:
C:\Users\<username>\AppData\Roaming\Microsoft\Workspaces\<workspace ID>\Resource
Ну, и я бы попробовал подключиться к серверу RDS на 2012 R2 с сервера 2008 R2 через оснастку для RemoteApp. И ей создать RDP для приложений.
