[Iska]

Код:

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion

set sSourceFolder=C:\1

if exist "%sSourceFolder%\." (
	for /d %%i in ("%sSourceFolder%\*.*") do (
		move "%%~i\*.*" "%sSourceFolder%\"
		rd "%%~i"
	)
) else (
	echo Can't find source folder [%sSourceFolder%].
	exit /b 1
)

endlocal
exit /b 0

Существующие файлы будут перезаписаны без предупреждения. Аналогично и с одноимёнными в исходных подкаталогах — останется только перемещённый последним.