[El Scorpio]

Подскажите как лучше организовать работу серверов. Что имеем 1 лицензию на 2012 сервак и 1 на 2012 r2. »

Каждая из лицензий допускает до двух виртуальных машин.
Итого у вас может быть 4 виртуальных сервера Windows и два физических, используемых только для обеспечения работы виртуальных машин.

В принципе, можно настроить все службы на более мощном сервере, а второй оставить под горячий резерв, настроив ему периодическую репликацию всех файлов и баз данных.

как лучше организовать роли »

На каждом из физических серверов выделяете по одной виртуалке под контроллер домена, DNS/DHCP и корень DFS.

Все "неклиентские" службы (SQL и т.д.) также можно оставить вместе с КД.
Ну а терминальный сервер - на второй виртуальной машине.