[vadblm]

При удалении или переустановке одной ОС какие проблемы могут возникнуть(наверное с загрузчиком) ? Как с ними бороться? »

При переустановке Windows будет переписан загрузочный сектор, линукс грузиться не будет. Решение: восстановить загрузчик GRUB. Инструкций как это сделать полно.
При удалении раздела с линуксом (точнее, где расположен /boot), не будет грузиться вообще ничего. Решение: восстановить загрузочный сектор Windows, инструкций опять же достаточно.
Сказанное относится к схеме разбивки MBR, с GPT всё и проще, и сложнее.