[megaloman]

Код:

@Echo Off

SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion

Set "Where=E:\Папка1"
Set "Maska=*.pdf"

For /F "usebackq delims=" %%A In (`Dir "%Where%\%Maska%" /B /s /A:-D 2^>nul`) Do Call :SubDir1 "%%A" "%%~dpA"

GoTo :Eof

:SubDir1
	Set S=%~2
	Set "S=%S:~0,-1%"
        Call :SubDir2 %1 "%S%" "%~n1" "%~x1"
GoTo :Eof

:SubDir2
	Set /A i=0
	Set "j="
:Continue
	Set "NewName=%~dp2%~n2!j!%~4"
	If Not Exist "!NewName!" (
		Move %1 "!NewName!"
		GoTo :Eof
	)
	Set /A i=!i!+1
	Set "j= !i!"
	GoTo :Continue
GoTo :Eof

Батник можно запускать на указанную директорию 1 раз, так как он сделан для случая, как Вы писали: " pdf файлы могут находиться только в самой нижней папке".
Батник при повторном запуске поднимает все пдф-файлы на уровень вверх, присваивая им соответственно другое имя.