[Ж.Д.А.Л.К.Е.Р.]

100 Мб раздел создается в тех случаях когда указанный пользователем раздел для установки ОС не загружаемый. К примеру основной раздел/логический диск первого винчестера но без флага активности или любой раздел на втором/третьем/стопицот-тысячном винчестере. Поэтому я в начале BootIt-ом создаю раздел для ОС (основной раздел с флагом активности), в самой программе выбираю обратно запустить флешку и дальше жму установку Windows.
В итоге:

первый диск в формате vhd это флешка с которой ставлю систему »

Для виртуалки это уже не флешка, а винчестер, который стоит первым в очереди загрузки - то есть загрузочный. Вот установщик ОС и создаст на нем 100 Мб раздел с bootmgr + bcd чтоб Windows потом могла загружаться с другого устройства.
Про Plop и то где он у тебя (виртуальный привод или винчестер ?) я не понял. А вообще чтоб правильно загрузиться на виртуалке с флешки нужно смонтировать образ Plop в виртуальный привод/дисковод, запустится с него, пробросить внутрь ВМ флешку и в Plop-е выбрать запуск USB. В этом случае получишь максимально приближенный вариант к реальному железу.