[pogo]

Спасибо за ответ.
К концу для всё же удалось, вроде как, победить эту напасть, делал следующее:
1. Смотрим информацию о таблицах базы

Код:

SHOW TABLE STATUS from <database_name>;

2. Ищем самые жирные таблицы (у меня это были alerts, history, history_uint) и удаляем их

Код:

USE <database_name>;
TRUNCATE TABLE <table_name>;

т.к. у меня база была без innodb_file_per_table
пришлось делать следующее (взято отсюда):
4. Делаем бекап базы

Код:

mysqldump -u admin -p <database_name> > /home/admin/dump.sql

5. Удаляем все базы кроме схемы (information_schema)

Код:

drop database <database_name>;

6. Останавливаем mysql

Код:

/etc/init.d/mysqld stop

7. Добавляем в /etc/my.cfg

Код:

innodb_file_per_table
innodb_flush_method=O_DIRECT
innodb_log_file_size=1G
innodb_buffer_pool_size=4G

тут точно по всем параметрам не читал, взял из линки, если есть замечания, буду раз услышать их.
8. Удаляем файлы ibdata1, ib_logfile0 и ib_logfile1

Код:

rm /var/lib/mysql/ibdata1
rm /var/lib/mysql/ib_logfile0
rm /var/lib/mysql/ib_logfile1

9. Запускаем mysql

Код:

/etc/init.d/mysqld start

файлы ibdata1, ib_logfile0 и ib_logfile1 должны создаться
8.7. Заливаем дамп обратно в базу предварительно создав её

Код:

mysqladmin -u admin -p create <database_name>
mysql -u admin -p <database_name> < /home/admin/dump.sql

8.8. запускаем zabbix

Код:

/etc/init.d/zabbix start