[alef2474]

но ведь в домене по идее как-то должно быть сделано так, что бы терминал сам увидел сервер лицензирования и начал с ним дружить. »

Вообще-то при установке установке компонента роли сервера лицензирования рабочих столов выдается окно, в котором предлагается настроить область обнаружения этого сервера лицензирования, где можно поставить галочку и выбрать раб.группа, домен, лес.
Причем если галочку не ставить, то Майкрософт говорит о ручном, а не об автоматическом(как Вам хочется) указании сервера лицензирования в дальнейшем, хоть и в одном домене. (В этом есть здравый смысл, поскольку лицензии - это деньги и лучше вручную указывать, от кого Вы их берете)
Поэтому можно предположить, что при установке компонента роли Вы галочку не поставили или когда устанавливали компонент сервер еще не был подсоединен к домену.
Если хочется автоматического определения, то, видимо, надо переустановить сервер лицензирования и не забыть поставить галочку с точкой Этот домен.(если конечно переустановка вообще пройдет)
Это все я написал по 2008 серверу, но предполагаю, что в 2012-ом так же осталось.