[Iska]

т.к. сам скрипт создает данный файл командой DIR /b /s /a:d > %file% »

Значит, я не совсем понял логику работы пакетного файла.

или вы считаете, что запись SET srt=|CD подразумевает присвоение переменной srt фразы "|CD" а не присвоение переменной str значения от выполнения команды CD ? »

Ни то, ни другое. Это попытка передать команде «CD», выводящей текущий каталог (именно поэтому Вы и видите:

вывод: c:\Program Files »

), пустой вывод команды «SET srt=». В результате такого перенаправления команда «SET srt=» не отрабатывает.