[El Scorpio]

Что можно смотреть программами из комплекса Sysinternalsuite
1) какие файлы и ключи реестра открывает данная программа - Procmon
2) стек системных функций ОС данной программы ( с разбивкой по потокам) - Procexp
3) перечень сетевых соединений данной программы - Tcpview

какая строчка кода работает когда я делаю то-то или то-то »

Для этого нужна программа - отладчик.
Однако без исходных кодов программы вы увидите только "машинный код" на языке Ассемблер, из которого крайне сложно понять, что делает программа, почему и зачем.
Разве что при наличии в файле программы дополнительных метаданных декомпилятор отладчика сможет добавить текстовые имена отдельных функций самой программы. Также большинство отладчиков распознаёт вызовы функций типовых библиотек, API Windows, .NET и т.д.