[El Scorpio]

Минусом является то, что в рамках этой лицензии обязательно нужно поднимать домен »

А почему "домен" вы считаете "минусом"?
Для сети на 15 машин домен является плюсом.

2 GB ОЗУ DDR2-533-677 »

Windows 2003 Server в режиме контроллера домена и файлового сервера вполне будет работать.
Linux (любой) также будет работать.
Windows Server на виртуальной машине, запущенной из под Linux - работать тоже будет, но медленнее.

Впрочем, если добавить оперативной памяти, то можно будет на Linux Debian установить Proxmox и получить удобную платформу для виртуальных машин (в том числе для Windows server, файлового сервера, почтового сервера и т.д.)
Дисковая подсистема - софтварные RAID на MDADM и разбиение разделов через LVM .
Удобно в контроле и управлении, надёжно в перемещении (стандартные технологии - запустятся на любом другом компьютере, в отличии от втроенных RAID)

3 жестких диска по 500 GB »

Объединить 2 диска в RAID, использовать под систему и служебные файлы (профили пользователей, документы отделов, базы данных и т.д.)
Третий диск - под архивы и "файлохранилище"