[El Scorpio]

ev83gen на OEM-наклейках начиная с Win2008 пишут два серийных номера - для физической системы и для виртуальной.
Эти номера указываете в соответствующих системах по ходу установки.

И так же из под первой можно поставить Linux, которому лицензия не нужна. если это так, то разве это не будет програмной виртуализацией? »

Совсем не понял вопроса.
Лицензией Windows регламентируется не количество виртуальных машин, а количество установленных экземпляров Windows Server. Для Windows 2008 Std - 1 физическая или 1 виртуальная (+ физическая только для сервера виртуализации). Для Windows 2012 Std - 1 физическая + 1 виртуальная или 2 виртуальных (+ физическая только для сервера виртуализации).
Ну а виртуальных машин с Linux или другими свободными/бесплатными системами можно создать сколько угодно.